В данном разделе последовательно и подробно рассматриваются особенности стандартной в Windows 2000 файловой системы — NTFS версии 5.0. Только эта система позволяет в полной мере использовать все возможности Windows 2000, обеспечивающие безопасность и надежность хранения данных на дисковых накопителях. Отдельно в главе 26 рассматривается Encrypting File System (EPS, Шифрующая файловая система), обеспечивающая конфиденциальность файлов. Функционирование EFS также возможно только на NTFS 5.0.